1925年厦门梨园戏团双珠凤曾聘请台湾歌仔戏艺员去教戏，自此在闽南地区流行。1926年台湾玉兰班前往厦门新世界剧场连演四个月。1928年台湾人前往福建省漳州龙海白礁慈济宫谒祖时，聘请台湾歌仔戏班三乐轩前往演出酬神，曾在厦门演出，引起当地轰动。其后闽南地区便纷纷组成歌仔戏班。当时到中国教戏的台湾演员有戴水宝、温红涂等，以温红涂的影响最大。
福建当地艺员邵江海、林文祥都是台湾歌仔戏艺员温红涂的学生，他们的同学还有王锦泉、吴泰山、卢培森等人，他们两人据歌仔戏曲调加以变革，成为“改良调”（以台湾后来称为“都马调”的“杂碎仔调”为主的系列曲调，杂碎在这里是什锦的意思），组演所谓改良戏，日治时期的台湾乐器被查禁，邵江海、林文祥等人用南管（泉州南音）的乐器“三弦”（皮面，共鸣箱蒙蟒皮或蛇皮）和“洞箫”（即“尺八”；比民乐的洞箫要长，有时也用民乐洞箫。注：这里指的民乐何意？中国洞箫可略分为北箫及南箫。南箫保留旧制，而北箫在规制上，一般都长于南箫。尺八仍是唐制“篴、通洞”，一尺八寸，九竹节的规制。民乐洞箫是指广东民乐，或另有所指？）代替台湾月琴和台湾品仔（笛），主弦（领奏琴师）的胡琴类乐器壳子弦、大广弦则用新发明的六角弦代替，躲过国民政府取缔。
1949年，台海两岸分治之前。厦门都马班前往台湾演出，引入都马调。大陆政权易手之后，都马班则留在台湾演出。中共建政后，于1953年将歌仔戏改称芗剧，而歌仔则统称锦歌。此后发展与台湾歌仔戏（芗剧）渐异。
芗剧在中国政治运动及文艺政策影响下，进行许多变革，许多题材都曾被禁演，而改演具有浓厚政治意识形态的剧目。文化大革命期间，更难逃样板戏的袭卷，因而受到京剧极大的影响。而在中国改革开放后，样板戏的影响虽少了，然而目前的演出形式仍然与民间审美差异极大，受到其他剧种影响，普通话的语言形式和京剧影子仍然随处可见。在行腔上也采真假嗓互用的方式，与台湾用本嗓的方式不同。
闽南歌仔戏在中国戏曲改革、戏曲现代化的大潮下，创作演出了许多歌仔戏现代戏（现代歌仔戏；时装歌仔戏）：如从话剧改编，刻划1927年8月1日南昌起义的《八一风暴》、从1960年谢晋电影与1964年吴祖强作曲芭蕾舞剧《红色娘子军》改编的《琼花》、描绘台湾二二八事件（二二八事变；二二八人民起义）的《台民泪》等。
特别值得一提的是《碧水赞》这出歌仔戏现代戏（芗剧现代戏）。
1963年夏，汤印光、陈志亮、吴毅、陈曙、芗人、庄明6人根据当时闻名全国的被誉为《榜山风格》的堵江抗旱事迹开始编剧，1965年初，《碧水赞》剧本定稿，由龙溪专区芗剧团演出，1965年春，参加华东区戏曲现代戏观摩会演，1965年4月，剧本由上海文化出版社出版，并由文化部艺术局印发，向全国推荐。后来改编成话剧《龙江颂》，被列为样板的现代京剧《龙江颂》就是话剧《龙江颂》改编的。（龙江指闽南的河流“九龙江”）。
目前闽南的厦门市已恢复使用“歌仔戏”名称多年，而厦门的“厦门市歌仔戏剧团”和漳州的“漳州市芗剧团”是闽南最有代表性的2大歌仔戏剧团（芗剧团），它们都是公营剧团（国家剧团）。目前除了公立剧团外，闽南地区也有数百个民间剧团。
北京中国戏曲学院表演系于1998年与厦门戏曲舞蹈学校（厦门艺术学校）合作开办1届歌仔戏大专（专科）班，全名“中国戏曲学院歌仔戏大专班”，培养出18个歌仔戏大专（专科）毕业生。
福建漳州市芗剧团以台湾小说家洪醒夫原著小说《散戏》改编的芗剧现代戏（歌仔戏现代戏；时装戏）《戏魂》得到1992年中华人民共和国文化部第2届文华奖的“文华新剧目奖”。
《戏魂》编剧杨联源和方朝晖获1992年中华人民共和国文化部第2届文华奖的单项奖“文华剧作奖”。
郑秀琴以饰演《戏魂》中章月娇1角获1992年中华人民共和国文化部第2届文华奖的单项奖“文华表演奖”。
厦门市歌仔戏剧团在2007年以歌仔戏现代戏《邵江海》得到中华人民共和国文化部第12届文华奖的“文华大奖”殊荣，是比“文华新剧目奖”更高的奖项，本届戏曲类中国取6名，《邵江海》列第5。
《邵江海》编剧曾学文得到2007年中华人民共和国文化部第12届文华奖的单项奖“文华剧作奖”。
《邵江海》导演韩剑英、黄天福 (歌仔戏)得到2007年中华人民共和国文化部第12届文华奖的单项奖“文华导演奖”。
《邵江海》音乐设计江松民、朱伟捷得到2007年中华人民共和国文化部第12届文华奖的单项奖“文华音乐创作奖”，朱伟捷是厦门市歌仔戏剧团主持工作的副团长。
《邵江海》舞台美术设计黄永碤得到2007年中华人民共和国文化部第12届文华奖的单项奖“文华舞台美术奖”。
郑惠兵以饰演《邵江海》中邵江海1角得到2007年中华人民共和国文化部第12届文华奖的单项奖“文华表演奖”。
苏燕蓉以饰演《邵江海》中春花1角得到2007年中华人民共和国文化部第12届文华奖的单项奖“文华表演奖”。
得到这些荣誉前，歌仔戏现代戏（时装戏）《邵江海》已得到“中国戏剧节优秀剧目奖”、“中国戏剧奖曹禺剧本奖”、“中国全国地方戏优秀剧目评比展演1等奖”、“中国戏曲学会奖”、“中国共产党中央宣传部5个1工程奖”。
2006年5月20日，福建漳州和厦门的歌仔戏被列进中华人民共和国国务院公布的第1批518项“国家级非物质文化遗产”，序号208，编号 Ⅳ—64。
2008年1月26日，4位歌仔戏表演艺术家列进中华人民共和国国务院发表的《第2批国家级非物质文化遗产项目代表性传承人名单》：漳州的郑秀琴和吴兹明（《戏魂》的导演）；厦门的纪招治和陈志明 (歌仔戏)。
海峡两岸歌仔戏交流
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目前中国大陆歌仔戏界常透过学术研讨会、电视等媒介与台湾歌仔戏交流，台湾歌仔戏研究者王振义、台湾歌仔戏音乐家许再添、台湾歌仔戏演员吕福禄等人曾应邀到闽南参访，台湾演员廖琼枝、王兰花、张秀琴、吕雪凤、张丽春、庄金梅、杜玉琴、石惠君、许亚芬等曾应邀到闽南表演，台湾歌仔戏剧团明华园曾应邀到北京公演。
而中国的国家一级演员郑秀琴（她是邵江海和林文祥的学生，做过漳州市芗剧团团长）曾多次到台湾表演，该团主弦（领奏琴师）郑解放、杨森林也数度到台湾演奏，该团的中国国家一级演员作曲员陈彬 (歌仔戏)曾到台湾编曲作曲，在台湾的作品有《李娃传》（柯铭峰主弦，郑松江司鼓，郑松江原任漳州市芗剧团鼓师，现已退休）、《长生殿》（杨森林主弦，王清松司鼓）等。
厦门市歌仔戏剧团2006年首度到台湾巡回，献演歌仔戏现代戏（现代歌仔戏；时装歌仔戏）《邵江海》（这部戏的台湾首演是2006年9月18日，在台北市，厦门市歌仔戏剧团特别在台湾发行本剧的DVD并举行签名会，DVD是2005年12月录制）、新编古装歌仔戏《窦娥冤》等多部戏，主弦许永仁，鼓师林德和，《窦娥冤》经台湾公共电视全剧实况录影，多次转播。
《邵江海》的音乐由任职该团的中国国家一级作曲员江松民和朱伟捷设计，江松民笔名山风，原任职漳州市芗剧团，曾多次受邀到台湾给歌仔戏团设计音乐，在台湾的作品有《梨园天神》（刘文亮主弦并合作音乐设计，王清松司鼓）、《济公活佛》江松民音乐设计版（另有许再添担任主弦的早期版等几个不同版本）、《燕云十六州》、《鬼驸马》（陈孟亮主弦并合作音乐设计，庄步超司鼓）等。
陈彬（编曲）、林德和（鼓师，做过厦门市歌仔戏剧团副团长）、郑解放（主弦）曾在台湾宜兰县的宜兰市合作1场“歌仔戏主题音乐会”（在台湾的国立传统艺术中心主办，2001年8月31日在宜兰县政府文化局演艺厅世界首演）的闽南歌仔戏部分；台湾歌仔戏部分由柯铭峰（编曲）、朱作民（鼓师）、刘文亮（主弦）合作，并由台湾的国立传统艺术中心出版实况录影光碟。