《海岛奇兵》是一款战略游戏，结合了对其他玩家的攻击和对计算机生成基地（黑暗卫队）的攻击。游戏的故事情节设置在一个热带群岛，玩家在自己的基地岛上进行游戏，包括建造或升级防御、训练或升级兵种部队等（类似于Supercell的《部落冲突》）。[4]
对战机制
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玩家可以建立他们的基地，升级他们的防御和其他建筑物，并解锁部队升级。海岛奇兵结合单人战队游戏以及在同一地图上以多人模式攻击其他玩家的能力。游戏让玩家对抗一个名为“黑暗卫队”的敌人，该敌人以哈莫曼中尉为首领。玩家可以攻击黑暗卫队的岛屿，有3类：第一类是NPC岛屿；第二类为“黑暗卫队雇佣兵”的岛屿，实际为真人玩家；第三类为真人玩家所控制的资源岛或新发现的无人占领的资源岛，而其他NPC敌人是恐怖博士和吉尔哈特上校。玩家的基地若开了其他真人玩家的图则可能会被真人玩家入侵，以后还可以接受哈莫曼中尉的反击入侵玩家基地挑战以获取奖励。玩家可通过耗费金币解锁地图的图块发现新玩家，范围与雷达等级成正相关。
除了游戏的主要方面，还有一种合作形式，玩家为特遣队贡献“情报”（通过在防御中摧毁部队，赢得攻击或通过奖励），然后用于攻击特遣部队行动中的随机生成基地。
部队
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游戏总共有11种部队，分别是步兵、重机枪手、火箭炮手、土著勇士、坦克、医生、投弹手、烈焰战车、极冻先锋、迫击炮手、机甲。升级或训练兵种需要耗费金币。在更新后，还增加了4位新英雄。需要玩家升级雷达以发现之，升级英雄需要花费金币和英雄券（从商人获得）。
建筑
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玩家可以部署各类建筑自己的基地，每种建筑的数量有限，可升级的等级受司令部等级的限制，升级司令部需要经验达到要求；升级建筑需要木、石、铁，升级兵种和探索区域用潜水艇获得宝箱需要金币，容量取决于相应存储建筑（这与《部落冲突》类似）；当拥有原型武器实验室便可以得到的零件制作原型武器：有三种，这三种存续时间、生命值和伤害递增；玩家可以与商人交易资源，从中获得的资源不受容量限制；资源岛中的建筑无法升级，只有被其他玩家攻占后会自动升级新增。
实时一对一竞技
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战斗母舰是海岛奇兵里的实时竞技玩法，需要司令部达到10级。玩法主要是进攻对手的航空母舰基地，引擎室剩余最多的那一方获胜，若引擎室剩余数量相同，则破坏率最高的玩家获胜，若引擎室都被摧毁，则使用时间少的玩家获胜。通过比赛提升段位或摧毁引擎室达到一定数量，可以获得升级币和解锁币。升级币用于升级科技树的项目，解锁币（金色钥匙图标）用于解锁项目，舰长钥匙用于去除当前赛季增加引擎室数量和等级的司令部等级限制（目前国服未恢复此功能）。
基地编辑器
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海岛奇兵还曾经推出过“基地编辑器”以推动NPC地图产生：玩家可以自己在此设计命名基地并用自己账户上的部队测试基地，发布后可能被官方选取（被选取的基地会显示设计者名称）。不过该项功能已经被关闭。[5]