第一部
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波之國篇
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在第七班時的佐助
成為第七班成員之後，佐助對隊員並不關心。他既不搭理渦卷鳴門的挑釁，對春野櫻的示愛舉動也很冷淡。當第七班開始畑鹿驚的鈴鐺測試時，他從一開始就決定獨自對付鹿驚，根本沒打算要兩個隊友幫忙。在鹿驚毫不客氣地向他指出這一點後，佐助見識到要成為一個忍者，就必須和隊友合作。於是他寧願不服從鹿驚的禁令，把自己的便當分給被處罰被綁在木樁上看別人吃午餐的鳴門吃，也因此成就了第一批通過鹿驚測試的下忍。
第七班的第一個重大任務是護送橋樑建築師--太砂去波之國。出發不久，他們就遭到了鬼兄弟的偷襲。面對兩個霧隱忍村的中忍，鳴門被嚇呆了失去了抵抗能力。而佐助則充分發揮自己的能力抵抗了一時，直到鹿驚前來救援。而後，在鹿驚被桃地再不斬用「水遁·水牢術」困住，佐助和鳴門合作，將變化成「風魔飛鏢·影風車」的鳴門加上自己的飛鏢藏在影子裏一同擲出，靠着和鳴門極佳的默契解開了再不斬對鹿驚的束縛。在鹿驚擊敗再不斬以後，鹿驚用爬樹練習教鳴門、佐助和阿櫻如何控制卓羅。阿櫻最先成功，在鳴門問了阿櫻訣竅後，佐助頭一次臉紅的向鳴門問阿櫻說的訣竅是什麼。鳴門和佐助開始互相競爭、扶持，很努力練習，最後都都爬到了樹頂。
假死的再不斬帶着他的跟班白一星期後再次出現向在第七班面前。佐助的對手是擁有血繼限界的白。由於訓練的緣故，佐助很快跟上了白的速度。白為了擺脫劣勢，使出「秘術·冰遁·魔鏡冰晶」將佐助困在其中。此時，匆忙趕到的鳴門衝動地踏進了白的陷阱。佐助在和白的戰鬥中不斷嘗試，最終喚醒了自身的血繼限界寫輪眼（其中右眼有一個勾玉，左眼則是兩個）。這時的佐助不但可以看穿白在鏡中光速般的移動，甚至還可以掩護重傷的鳴門。白利用這一弱點，攻擊鳴門以造成佐助的破綻。佐助明知是計，仍然用自己的身體幫鳴門擋下攻擊。為了掩飾對鳴門的珍惜，他在彌留之際嘴硬強辯說，他這樣做不是為了救鳴門，只是身體不由自主罷了。最終，憤怒的鳴門覺醒了九尾部分的力量擊敗了白。而佐助也只是昏死過去，不久就恢復了知覺。第七班順利地完成了任務，回木之葉忍村復命。
中忍考試篇
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中忍考試之前，李洛克前來挑戰。佐助認為自己的寫輪眼可以複製任何招數，並沒有把阿李放在眼裏，就答應了。但他錯誤地估計了形勢，阿李在速度上佔盡優勢，儘管佐助的寫輪眼能夠看穿阿李的動作，身體卻仍跟不上。雖然兩個人沒有分出勝負（阿李正要使出「表蓮華」即被賀意阻止），讓阿李佔優勢的事實還是讓佐助非常不爽。在筆試中，佐助發現自己一題也不會。但聰明的他很快意識到考試的重點在於考驗如何在不被發現的情況下抄襲。佐助利用自己的寫輪眼，透過複製考場內的暗樁的寫字動作，完成了考題。
在中忍考試的第二部分開始後不久，佐助和阿櫻在死亡森林遭到變裝的大蛇丸的攻擊。在大蛇丸的「死亡預覽術」之下，佐助內心非常恐懼，渾身發抖以致於沒有還手之力。就在佐助為了保住性命，要將捲軸交給大蛇丸的時候，鳴門適時地出現並阻止了佐助。在鳴門使用了部份九尾的力量和大蛇丸戰鬥時，佐助驚奇地發現鳴門居然身手敏捷，完全不是吊車尾的形象。雖然鳴門無法打敗大蛇丸，但這一舉動激發了佐助的鬥志。他用綁着線的風魔飛鏢將大蛇丸制住，並用火遁忍術延線燒毀了大蛇丸的臉。就在佐助以為已經戰勝大蛇丸的時候，出於對佐助能力的滿意，大蛇丸給佐助種下了天之咒印。佐助痛苦的倒下了，而大蛇丸離開前告訴阿櫻，佐助遲早會來找他獲取力量。
咒印下的佐助
鳴門力竭倒下，佐助也因為中了咒印的緣故，和鳴門一樣失去了知覺，而阿櫻在一旁照料。就在這時，一群音之忍者奉大蛇丸之命來幹掉佐助（實則為測試佐助實力的一環）。阿櫻和先後趕來的李洛克和第十班苦苦和三名音忍周旋，但戰況仍不利，阿櫻還在過程中斬斷長髮並受了重傷。 日向螺旋帶領的第三班其他成員趕到，正當他們準備和音忍作戰時，佐助的身體適應了咒印並甦醒過來。憤怒的佐助渾身佈滿咒印黑色的花紋，詢問阿櫻是被誰打成重傷，並向以滿不在乎的口氣承認攻擊阿櫻的薩克展開攻擊。由於咒印的力量，佐助佔據了絕對優勢。他用非常暴力的手法扭斷了薩克的手臂，並且準備繼續向其他兩名音忍復仇。阿櫻察覺到咒印狀態的佐助失去了控制，一把抱住佐助求他停手。阿櫻的舉動讓佐助恢復了正常。在一旁驚恐萬狀的音忍們留下捲軸，趕緊逃離了現場。
在考試的初試選拔中，佐助的對手是音忍的赤胴鎧。在比賽前，鹿驚警告佐助不要使用寫輪眼及忍術，否則可能會引發咒印（因為卓羅流動會令咒印產生反應），並會在咒印發動時，直接將佐助淘汰。戰鬥開始後，鎧使用他的吸收卓羅的忍術大量地吸取佐助的卓羅，佔了很大優勢。在不能使用寫輪眼及忍術的情況下，佐助將他從阿李那裏拷貝來的體術稍加變化成為「獅子連彈」，一招擊敗了對手。比賽過後，鹿驚封印了佐助身上的咒印以阻止它的發作。大蛇丸突然出現，告訴鹿驚和佐助，如果佐助自己願意，咒印是無法被封印的。大蛇丸在和鹿驚對峙了一陣後離開了。為了防止佐助經受不起力量的誘惑而使用咒印，鹿驚在接下來的一個月時間裏（中忍考試最終場比賽前）單獨陪佐助訓練。
佐助在和鹿驚的訓練期間，學會了鹿驚的成名絕招「雷遁·千鳥」，同時也修練了先前複製的阿李的高速體術技巧。佐助在中忍考試最終場比賽時，對手是當時實力早已遠超下忍的砂隱村忍者我愛羅。戰鬥開始時，佐助模仿阿李，以高速的體術壓制我愛羅，我愛羅不得不用絕對防禦將自己用堅硬的沙殼包圍起來，並在砂殼中準備反擊。佐助趁此機會首次使用了「千鳥」，結果穿透了「砂的絕對防禦」，重傷我愛羅。
毀滅木之葉篇
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與此同時，砂忍和音忍的木之葉崩潰計劃開始實施。受傷的我愛羅在砂忍的掩護下欲暫時撤退。佐助奉命追擊我愛羅。追上我愛羅後，佐助不顧所剩無幾的卓羅，接連使出千鳥，導致咒印反噬，但也切斷了我愛羅用沙所凝成的一隻手臂。被激怒的我愛羅使用守鶴的力量反擊佐助。而佐助則由於咒印的緣故，體力不支倒下了。緊急關頭上鳴門正好趕到，一番苦戰後擊敗我愛羅。佐助對於鳴門在這一戰中表現出的實力，表現出驚訝和嫉妒。
綱手搜索篇
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在得知畑鹿驚被突然出現在木之葉忍村的內輪鼬太知擊敗後，佐助去探望鹿驚以打聽消息。從鹿驚那裏，佐助得知鼬太知回到木之葉的目的是要尋找鳴門。於是他立刻動身去找鳴門，以向鼬太知復仇。等找到鳴門的時候鼬太知已經先到一步。佐助使出絕招「千鳥」殺向鼬太知，但立刻被鼬太知隨手破解了。雖然佐助不屈不撓的繼續攻擊，但鼬太知似乎對他缺乏興趣，使用「幻術·月讀」並重擊佐助的肚子讓他吐血，毫不留情地擊潰了佐助。鼬太知對佐助說：「你很弱，為什麼會這麼弱呢？是因為你對我的憎恨...還不夠深。」在鼬太知用「天照」跟干柿鬼鮫一起逃脫後佐助被自來也救起，送去木之葉的醫院養傷。
佐助奪還篇
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綱手回到木之葉後治癒了佐助的傷勢。在醫院治療期間，佐助回憶起他在第七班的歷程。他發現自己仍然太弱小，既無法打敗鼬太知，甚至還被從前的吊車尾鳴門超過。心情抑鬱的他和前來探望他的鳴門在醫院進行了一次對決。雖然這次對決被趕來的鹿驚阻止，但佐助發現鳴門的新忍術「螺旋丸」威力與千鳥差距之大，內心更加不平。鹿驚在事後勸說佐助不要過於執著對力量的追求，但佐助已經積重難返。這時，大蛇丸派來的音忍四人眾吸引了佐助的注意。佐助認識到大蛇丸給予的咒印之力量後，決定跟隨音忍們離開了木之葉，追隨大蛇丸以換取更強大的力量。
在佐助離開村子之前，被阿櫻追上。阿櫻極力勸說佐助留下，並表白了對佐助的愛意，希望能幫佐助變強。佐助聽完了阿櫻的告白，說句「謝謝」後擊昏阿櫻，離開了村子。在路上，佐助再次碰到了音忍四人眾。這一次音忍給了佐助提升咒印狀態的藥丸，然後將吃下藥丸昏死的佐助封印到特製的棺桶中一起離開了。
在音忍一行往大蛇丸方向去的時候，一支由鳴門、犬塚牙、日向螺旋和秋道長治組成的小隊在身為中忍的奈良鹿丸的帶領下開始了營救佐助的任務。途中，小隊的隊員分別先後和音忍四人眾的成員進行單挑。這期間君麻呂出現帶走了棺桶，但仍被鳴門追上。這時佐助完成了咒印的升級，破桶而出。恰巧阿李趕到，拖住了君麻呂。而鳴門最終在終結之谷追上了佐助。
佐助與鳴門開始激烈的對戰。起先鳴門使用體內九尾的力量佔據上風。但佐助在對陣中升級了他的寫輪眼（至三個勾玉）將鳴門打敗吐血。這時鳴門讓九尾的卓羅環繞在自己周圍，並長出一條尾巴。而佐助則進入了咒印的狀態二，變成鷹的形態。兩人各自使出絕招，鳴門九尾力量下的紅藍色「螺旋丸」和佐助咒印狀態下的黑色千鳥在終結之谷的大瀑布上對衝。在僵持狀態下，佐助擊中了鳴門的胸口，鳴門則在佐助的護額上劃出了一條裂痕。大爆炸後鳴門昏倒躺在地上，佐助在大雨中突然一陣劇痛，跪下後剛好臉就在鳴門近距離的正上方，佐助看着他，不忍殺死鳴門，便直接離開前往大蛇丸處（事後嘴硬表示當時不願依照鼬太知告知的方式取得力量），只留下被鳴門劃出裂痕的護額（在被鹿驚阻止的那次決鬥中，鳴門要求佐助先帶上護額，而佐助認為鳴門不可能能在他額頭上留下任何傷痕） 。
第二部
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佐助再會篇
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第二部中初次出場的的佐助（天地橋偵查任務篇）第二部劇情開始時，佐助的面貌沒有太大的變化，開始穿着和服。他依然冷酷和盲目追求力量，而且斬斷了與鳴門和阿櫻之間的牽絆，全心地去追求力量。在三人再次見面的時候，佐助毫不猶豫地攻擊鳴門和阿櫻，絲毫不留情面。但另一方面，對於陌生人他反而不大願意隨意殺戮。佐助和大蛇丸之間也僅僅是互相的利用關係。和其他音忍不同，佐助對大蛇丸既不恐懼也不尊重。只有在訓練的時候，他才願意和大蛇丸在一起。佐助沒有佩戴音忍的護額，他身上唯一的標記就是內輪一族的紋章。
佐助在和佐井見面時初次登場。他對佐井的出現無動於衷，還對大蛇丸的遲到表示不滿。當佐井表示他會比佐助更加地和鳴門合作時，佐助用寫輪眼震懾了佐井。此後佐井試圖幫助鳴門和阿櫻，將佐助帶回木之葉忍村。佐助對眾人的勸說毫不理會，表示只要能殺死鼬太知就算讓大蛇丸奪走身體也在所不惜，然後就開始攻擊新成立的第七班。
幾輪交手之後，佐助進入鳴門的意識，發現了九尾的秘密。九尾對佐助的出現感到吃驚，並說佐助的寫輪眼和卓羅比自己的還要邪惡，就跟以前的內輪摩馱羅一模一樣。佐助對九尾說的人物毫不知情，然後開始壓制九尾的卓羅。九尾逐漸消散時威脅佐助不要殺死鳴門，否則他會後悔的。兩個人又回到了現實之中，就在佐助準備使用絕招（其動作狀似「麒麟」）將眾人一舉殲滅的時候，大蛇丸和兜出現了。大蛇丸勸說佐助留下第七班，這樣可以削弱曉的力量，便於他對鼬太知的復仇。於是佐助一行三人就消失了。
自來也VS培恩・佐助VS鼬太知篇
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佐助再次出現是在一大群被他打倒的忍者之中，他身上乾乾淨淨就連血漬都沒有沾到。大蛇丸說即使是號稱天才的他在當年也沒有如此實力。由於佐助覺得自己已經沒有什麼可以從大蛇丸那裏學到的了，就在大蛇丸躺在床上養病的時候突然倒戈，用卓羅刀攻擊大蛇丸。而得知其意圖的大蛇丸則現出真身「白鱗大蛇」要奪取佐助的身體。兩人在精神空間裏進行決鬥。在佐助的寫輪眼前，大蛇丸遭到了和當年對戰內輪鼬太知時相同的慘敗，而他的精神世界完全被佐助吞併了。
在擺脫大蛇丸的控制以後，佐助釋放了被大蛇丸關押的鬼燈水月。他同水月言明要組織一個新的小隊，並說早有了人選。兩人來到南秘所，「說服」了有特殊能力的管理員香燐入夥，然後釋放了所有的囚犯。佐助最後的一個隊友是重吾，此人是咒印的源頭，雙重性格、有抑制不住的殺人衝動。佐助、水月和香燐來到關押重吾的北秘所，並找到了他。正處於殺人衝動中的重吾與技癢已久的水月打起來，但兩人很快就被佐助用大蛇制服並以強烈殺氣鎮住場面。重吾在佐助的高壓下恢復了正常，重新躲進牢房害怕自己再次出去殺人。佐助對此表示會當重吾的牢籠，阻止他的殺人衝動。接着佐助又言明君麻呂已為他而死，此時重吾終於了解眼前這人，就是君麻呂不惜生命都要將他帶回大蛇丸身邊的內輪佐助。為了要見識一下佐助到底有甚麼能耐可以令到君麻呂不惜犧牲來換取他，重吾決定加入他們。佐助的四人小隊正式組成，取名為「蛇」，佐助的最大目的是要殺死鼬太知，而這世界都將因「蛇」的出現而產生變動。佐助跟曉的阿鳶、迪達拉開戰。迪達拉雖然使出多種自傲的藝術，但卻因為佐助的雷遁剋制他的土遁炸彈，及不敵寫輪眼而敗陣下來，最後迪達拉為了證明自己的藝術自爆，可惜佐助熟練地運用了寫輪眼，進入曼陀體內用時空間忍術躍入其他空間，成功離開爆炸之地，得以保命，而迪達拉則在爆炸中死亡。
另一方面，木之葉村收到情報，得知大蛇丸被佐助所殺，便開始進行尋找佐助的任務，而「蛇」的成員香燐發現木之葉的人在追蹤佐助，蛇便到曉的根據地，而佐助更遇到鼬太知，鼬太知便指示佐助往內輪一族的故地，來個了斷。途中佐助先到故地南賀的神社大堂，並在那裏的秘密集會場所，發現鼬太知所指的內輪瞳術「萬華鏡寫輪眼」的存在目的－為了能夠控制九尾的力量。亦得悉萬華鏡寫輪眼的使用，最終是會招來失明的命運。
355回中，佐助和鼬太知的對戰佐助佔上風，從鼬太知的背後刺了一劍。385回中，似乎這又是鼬太知幻術所變化出的分身，佐助亦察覺這點，於是用千鳥流攻向身後的另一個內輪鼬太知。但從絕的口中得知，其實雙方一直是在進行幻術的攻防，而實際上卻未曾動身。而鼬太知向佐助透露「內輪一族」創始人內輪摩馱羅還存在的「事實」（事實上是內輪帶人冒充內輪摩馱羅），他口中這位「亦師亦友的男人」與其一起消滅全族。又道出萬華鏡寫輪眼是有馴服九尾力量之能；只不過使用者要付出代價，因為到最後能力會被封印，並陷入失明的黑暗世界當中。內輪摩馱羅是第一個使用瞳術降服九尾之人；也是全族唯一解開萬華鏡寫輪眼另一秘密之人。
356回中鼬太知道出萬華鏡寫輪眼另一秘密，就是能透過奪取族中其他人的萬華鏡寫輪眼（雙瞳互換），而保有永遠光明的「新雙瞳」。摩馱羅就是這樣從其已故弟弟內輪伊砂處移植了萬華鏡寫輪眼，而創造了有獨特瞳術的新眼睛（當然這也亦非必然發生之事，所以也造就了過往族中的不少慘劇）。故鼬太知一直就是希望佐助能練成萬華鏡寫輪眼，以好作為他的「備用品」，讓他能從弟弟處得到「新雙瞳」；他亦稱他們兩兄弟是對方的「備用品」。他打算超越內輪摩馱羅成為內輪一族歷史中的頂點。現在他正準備從弟弟處得到他夢寐以求、永不墮入黑暗的眼睛。
然而實際上鼬太知完全沒有打算奪取佐助的眼睛，加上自己身患重病及當時佐助還沒開啟萬華鏡寫輪眼，故不可能獲得永恆萬華鏡寫輪眼。鼬太知假裝自己妄想超越內輪摩馱羅是希望刺激弟弟獲得萬華鏡寫輪眼並移植他的眼睛進化成永恆萬華鏡寫輪眼，以便能觸發早前在鳴門體內放置有內輪止水寫輪眼的烏鴉的別天神，強制改變弟弟的想法，讓弟弟「守護木之葉」。
357回中，他使用月讀使佐助以為自己的左眼已被他奪去，以圖使其陷入控制當中，但卻反過來被佐助破解了其幻術。389回中，因左眼在「月讀」被破解時受傷，所以行動變得遲鈍化。佐助的「影風車之術」雖擊中了鼬太知但對他傷害不大，於是對鼬太知再使用「火遁·豪火球術」，鼬太知也使出「火遁·豪火球術」還擊，但仍被佐助壓制下來（因咒印的力量，加上鼬太知把卓羅用於右眼準備發動天照）。此情況下，他決定使出「天照」，把佐助的火焰給完全吞噬，並一度撲向佐助身上；但佐助又利用大蛇丸流替身術，成功潛入地底以避開「天照」之術，並在地底中以「火遁·豪龍火術」觸發襲擊因使用「天照」而不能躲避的鼬太知。此刻雙方均用盡自身的卓羅力量，鼬太知的右眼及嘴角均流出鮮血、右手亦被火遁燒傷，似乎已筋疲力盡。佐助雖也用盡卓羅，但為了向鼬太知報仇，已準備使出極秘之術擊敗鼬太知。
391回中，原來佐助是透過火遁·豪龍球之術射向天空以製造出雷電，並將雷電之力集中於手中並引向攻擊鼬太知。這個被佐助名為「雷遁·麒麟」，一舉將鼬太知所身處的岩石擊得粉碎，佐助亦滿以為鼬太知的死期已到，但意想不到的是鼬太知也使出終極防禦，防禦了佐助的轟擊；他亦使出終極之術「須佐能乎」，原作防衛的骷髏慢慢化成巨大的戰神。就在此際隱藏在佐助體內的大蛇丸透過咒印取回自己被奪的力量，趁佐助力量虛耗之際使出「八歧之術」變化出八歧大蛇。但面對「須佐能乎」的強大力量，不僅八歧大蛇紛紛被斬下頭顱，就連潛藏在八歧大蛇內的大蛇丸，被「須佐能乎」的十拳劍刺中後，連同八歧大蛇一起被吸進「須佐能乎」所持的酒葫蘆內，咒印也跟着消失。佐助同樣地也剋制了大蛇丸的控制而平伏過來。但佐助此時已用盡寫輪眼的力量。
面對鼬太知強大的「須佐能乎」，佐助又沒有使用忍術的卓羅，唯有以引爆符不停的進行攻擊；但這卻被「須佐能乎」所持的「八咫鏡」抵禦過來，鼬太知更步步迫近。意想不到的是，鼬太知似乎因使用「須佐能乎」之術而導致身體全面崩潰，口吐大量鮮血（當時的鼬太知已患重病），在佐助的額頭前輕輕點了一下，在佐助耳邊說了一句密語（「對不起，佐助，這是最後一次了...」），然後力竭去世。佐助看見一旁的鼬太知再也不動後，淒涼的笑了一笑也接着倒下。
培恩來襲篇
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佐助醒時發現自己身處異地，而內輪帶人亦在其面前出現，有關於內輪鼬太知的真相亦將被揭開。當佐助看見帶人的真面目時，左眼自動啓動萬華鏡寫輪眼，使出了「天照」；據帶人所說，鼬太知在臨死前把自己少許的瞳力注入了佐助體內，目的是保護佐助，不讓帶人（鼬太知以為他是摩馱羅）接近他。又從帶人的口中聽到鼬太知殺害全族，是因為木之葉高層所下達的命令而感詫異。佐助終於明白鼬太知一直以來的行動，除了為了木之葉，也是為了保護自己（如：消除了身上的天之咒印、給予其萬華鏡寫輪眼的力量等），不禁流下男兒淚。 然而，他卻選擇走上與兄長完全相反的道路。他目前與蛇小隊眾人會合，改隊名為「鷹」，並確定了新的目標為「毀滅木之葉」，以他的方式復興內輪家族。他將與帶人所率的「曉」聯手，除目標是針對木之葉的上層外，亦協助捕捉另一頭尾獸。目前身處在雷之國，使幻術迫使來自夜月一族的雲忍供出八尾人柱力的位置，並前往雲雷峽，向八尾直接道出要把他抓走。
佐助與八尾人柱力殺人蜂交鋒，面對精通刀法、雷遁，而且還擁有尾獸力量的殺人蜂。佐助連續兩次被其擊倒，甚至連內臟及胸口都被殺人蜂的「雷黎熱刀」活生生地挖出來，一度瀕死。但鷹小隊的香燐和重吾卻把他救活，因而惹惱了人柱力，並現出巨牛真身，水月為了保護虛耗過度的他們離開，自願殿後阻擋八尾，可是不消一刻便被其擊昏……佐助眼見身邊的隊友們為了保護自己不惜犧牲性命，又突然想起了在木之葉時跟鳴門、阿櫻一起，內心再度感到猶豫和孤單，開啓了左眼的萬華鏡寫輪眼，使出了鼬太知傳承的忍術「天照」，來個絕地反擊，熊熊的黑色火焰在八尾身上燃點，將八尾逐步吞噬；而八尾在掙扎間，竟將一團火焰撥向香燐，香燐頓時昏倒在水中，身上的火焰也同樣燃燒，重吾勸佐助離開，但燃起保護同伴之心的佐助卻不願離去，情急之下竟連右眼的萬華鏡寫輪眼也啓動了。奇蹟的是，原來佐助雙眼同開，竟有加具土命，不單把香燐身上的火給熄滅，同時也熄滅已昏去的八尾身上的火焰。而佐助們亦完成捕捉八尾的任務（實際上抓到的只是八尾脫下的章魚腳，人柱力早已脫險了），卻驚動了八尾的兄長雷影艾，開啓了有關討伐曉的五影會談。佐助原往木之葉趕去，但現在從帶人口中得知曾誣衊自己哥哥的檀助已當上了火影，及出席五影會談，便率鷹小隊往五影會談出發。
五影會談篇
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鷹小隊前往五影大會出發途中，遇上「曉」的內輪帶人及絕，絕答應帶他們到大會目的地。絕卻在大會上暴露佐助來襲的消息，雷影艾率眾前往攻擊佐助，決意為兄弟殺人蜂報仇。雷影在攻擊上一直佔上風,但佐助亦擁有可燒盡一切的「天照」，及作為最強防禦的「須佐能乎」保護自身，但仍受重創，使雷影需要自斷一臂。及後第五代風影我愛羅亦率眾到達，佐助在香燐的引導下避開交鋒並瞬間直闖會談地方，此時檀助乘機逃離眾人的監視。佐助欲追上檀助，但被水影所擋，與水影照美冥展開戰鬥，途中佐助卓羅不足逃走，卻被土影大軒的「塵遁」忍術攻擊。此時內輪帶人出現，並將受重傷的佐助救了出來後把佐助與香燐轉移到其時空忍術空間內，後來內輪帶人述說利用各尾獸喚醒「十尾」的計劃後離開現場。
內輪帶人離開五影大會現場後碰上了檀助，在殺死檀助兩個手下後。檀助已解開手臂上的封印，露出多隻寫輪眼，帶人將佐助和香燐從神威空間放到現場。於是佐助和檀助一觸即發展開戰鬥。佐助的天照和須佐能乎雖然多次命中貌似已將檀助殺死，但檀助卻一再而三的不斷出現，之後佐助對檀助師以幻術，可惜被檀助識穿。利用被幻術稍微牽制檀助的時機，佐助以草薙劍從後襲擊檀助，卻中了檀助的咒印術而動彈不得。就在佐助面臨被檀助反過來砍殺的危機時，佐助開始回憶起摩馱羅與他所說關於鼬太知的事，佐助的須佐能乎開始產生變化，從骷髏狀變成一手持弓一手拿着箭的第二型態的須佐能乎，順勢破解了檀助的咒印術。接着須佐能乎往檀助射出一箭，但是被檀助用木遁術防禦使其偏離軌道沒射中，此時香燐察覺現在檀助就是本體，佐助再對檀助射出一箭，雖然這一箭貫穿了檀助，可惜檀助已經成功發動術逃過一劫，帶人說道檀助所施展的術就是內輪一族中的禁術「伊邪那歧」。伊邪那歧是一種只須極為短暫的時間就能將施術者包含傷害以及死亡在內的不利因素轉化為夢境，且還能將施術者的攻擊等有利因素轉化成現實，即是能自由控制「幻象」與「現實」的界線對自己施放的究極幻術。
隨着戰鬥時間拖長，佐助和香燐慢慢的看透伊邪那歧的把柄，佐助掌握住伊邪那歧解開的瞬間，與檀助互刺，檀助以為他還有一顆寫輪眼可以持續發動伊邪那歧，卻沒想到是佐助以萬華鏡寫輪眼給他施了幻術。檀助很驚訝，因為伊邪那歧其實已經過有效時間而解除了，因此剛才檀助被佐助刺中的攻擊使他身受重傷，也展現了佐助身為內輪一族又擁有萬華鏡寫輪眼的瞳力是檀助所遠遠不及的。佐助接着藉由香燐的能力恢復體力，而檀助因為右手開始反噬（與柱間的細胞有關係），自斷右手之後他把他臉上的繃帶拿下，露出止水的寫輪眼，並馬上劫持香燐。佐助叫香燐不要動，結果佐助卻是用千鳥銳槍連香燐一起往心臟刺上去了，佐助笑着說道：「哥哥，先搞定一個了……。」檀助臨死前企圖用「裏四象封印術」封印佐助，但帶人看破其封印術，叫佐助趕緊跳開躲過一劫。隨後阿櫻追上佐助，表示要脫離木之葉，跟隨佐助（實際上是刺殺佐助），佐助為了確認她的真心，叫她給香燐最後一擊，沒想到佐助也想殺害阿櫻，被鹿驚及時阻止，而鹿驚與佐助卻開始了師徒間的戰鬥。阿櫻想趁因眼睛的副作用視線模糊的佐助殺掉，卻因對佐助感情下不了手，在佐助準備反過來刺殺阿櫻時——鳴門突然出現解救阿櫻。跟鳴門一番對話後，佐助與鳴門各自千鳥和螺旋丸確認雙方的真正想法。
之後帶人抵達現場將佐助帶走，後來佐助接受了移植手術，將鼬太知的雙眼移植到自己的身上。
第四次忍界大戰篇
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面具男阿鳶（內輪帶人）的計劃下，為了防範藥師兜趁着戰亂將佐助帶走，特地派遣黑絕與白絕保護佐助，而黑絕前去追查大名的行跡。佐助在得到永恆萬華鏡寫輪眼後，遂用其能力--須佐能乎打敗白絕奔赴戰場。他用須佐能乎擊敗一群白絕分身，並抓住一隻白絕以寫輪眼的幻術得知戰況。後來於前往戰場的路上與穢土轉生的內輪鼬太知相遇，共同協力對付擁有仙人之力的藥師兜。最後當兜在鼬太知使出的「伊邪那美」控制下解除穢土轉生時，佐助表示自己仍然要毀滅木之葉忍村，對此鼬太知將自己所知的事實呈現後消失，令佐助再度陷入迷惘，隨後與鬼燈水月、重吾重新會合，在看過關鍵卷軸後以解邪法印讓大蛇丸透過御洗手安子的咒印復活，目的是要見到知曉一切的人。在大蛇丸解除屍鬼封盡及施展穢土轉生後終於見到知曉一切的人們－死去的歷代火影。在聽了歷代火影解釋事情的始末後，決定不能讓鼬太知和村子化為烏有，接着隨歷代火影、大蛇丸及鷹小隊前往戰場。
到達戰場之後，佐助向在場的各位木之葉忍者宣佈自己希望擔任火影，繼承哥哥的火之意志，改變前代的火影們造成的局面，令眾人感到驚訝。期後佐助會合渦卷鳴門和春野櫻，第七班正式復活。與鳴門及忍者聯軍共同與十尾人柱力內輪帶人對抗並戰勝其，戰勝帶人後並與鳴門前往支援第一代火影千手柱間對抗內輪摩馱羅，摩馱羅命令黑絕控制帶人用輪迴天生將自己復活之後，其後將尾獸抽出，而當第二代火影千手扉間正偷襲摩馱羅時，已經無法戰鬥的柱間則告知佐助如何呼應摩馱羅體內的柱間的仙術卓羅並束縛摩馱羅的方法，而佐助感到疑惑為何初代火影要告訴他，柱間則說因為佐助與摩馱羅的弟弟內輪伊砂很像，也許摩馱羅會心軟。而當扉間已被打得動彈不得時，從後方突襲的佐助被摩馱羅用刀貫穿了胸口。佐助在將近瀕死的狀態下失去意識，在五影那邊戰場的香燐亦感知到佐助的卓羅越來越弱，瀕臨死亡，於是與大蛇丸等人突破渦卷狀的柱間人造人的攻擊前去營救佐助，在前往的途中香燐感知到了令人不快的卓羅正在接近佐助。最後發現是兜因認同自我後從鼬太知施展的幻術--「伊邪那美」中解脫，想保護好佐助並協助他們，並以自己的醫療忍術與柱間的細胞，保住了佐助的性命。
佐助在精神世界中與鳴門的靈體分別在不同次元的冥道和「忍宗始祖」、「六道仙人」大筒木羽衣相見。羽衣告訴佐助忍宗的起源和其兩名兒子的故事，並告訴佐助他就是羽衣的長子因陀羅的轉生者，且繼承其意志之人。在羽衣賜予佐助新的力量並讓他重返戰場後，佐助開啟了左眼輪迴眼，亦以嶄新且迅速的能力開始與鳴門攜手和摩馱羅戰鬥。同時左手亦出現月牙的標誌，代表着六道「陰之力」。
在摩馱羅發動無限月讀後，佐助使用須佐能乎與第七班逃過無限月讀。期後和鳴門說他倆是人類最後的希望，而阿櫻和鹿驚在鳴門身旁才順路救的，藉此希望鳴門別感情用事。但鳴門卻指出佐助心中仍有捨己救同伴的心。而後在與大筒木輝夜的戰鬥中，被輝夜強行拉至另一空間（沙漠），一度陷入無法離開的困境。之後帶人使用萬華鏡瞳術「神威」，阿櫻使用「百豪之術」
（輔助帶人）欲將之救回，並成功將佐助救出。後與第七班一同封印輝夜後，揚言要將現任五影處以極刑並做出行動把一尾到九尾封印至地爆天星內，但鳴門仍決定出面制止佐助，兩人遂於當年離別的終結之谷再次展開激烈對決，最終，鳴門和佐助均於該場決戰中各失去一隻手臂（鳴門失去前端右臂，佐助則失去前端左臂），身受重傷而不支倒地，直至翌日黎明始再次甦醒。面對如此堅持制止他的鳴門，佐助表示自己對於鳴門的作法感到疑惑不解，自己也想了結自己來贖罪，後提及若要解除無限月讀，就將自己的左眼移植給鹿驚，鳴門則告訴佐助自己早已將他視為朋友，所以無論如何都會分擔他的痛苦，阻止他身陷泥沼。佐助繼而回憶起邂逅鳴門迄今的種種經歷，更因此從鳴門的身上看見已故兄長鼬太知的影子，笑着承認鳴門才是該場對決裏真正的贏家。
之後，阿櫻抵達終結之谷，為重傷倒地的兩者療傷，佐助首次坦然接受內心感情，為先前所鑄下的錯誤向阿櫻致歉，並且在返回村裏休養至康復後，告知鹿驚和阿櫻他即將再度啟程，遠行他方的計劃。佐助以「這是自己鑄下的錯誤，跟阿櫻無關」為由，婉拒阿櫻希望與之隨行的請求，但還是在臨行前輕點阿櫻的額頭，與三年前離別時呼應，再次說道「謝謝」，並在這次答應他會再度歸來。才離開村子沒幾步路，鳴門出現在佐助的面前，交還當初被自己用九尾卓羅劃過的木之葉忍村護額，佐助則允諾會妥善收藏好這枚護額，直至彼此間的事情真正安定為止。
結局篇
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第四次忍界大戰落幕多年後，佐助將劉海蓄長並覆蓋左眼，與阿櫻結為夫妻，兩人於婚後育有一女內輪沙拉（うちはサラダ）。但佐助一直在外遊走於各國，自沙拉小時候就已經離開村子。
BORUTO-火影新世代-NARUTO NEXT GENERATIONS-
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主條目：BORUTO-火影新世代-NARUTO NEXT GENERATIONS-
佐助在討伐大筒木一族後留在了村子。他曾參與審問貉，目的是想要知道自己的徒弟渦卷螺釘手上的印記的來歷。見到佐助現身後，「貉」的首領證城寺感到懼怕不已。
內輪沙拉篇
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火影忍者外傳～緋色花月篇
佐助在旅行中遇到一位少年，身穿內輪家族的家徽衣服，而且還擁有寫輪眼。當佐助正想盤問少年的時候，少年已經逃走。及後佐助使用通靈鷹將情報告知鳴門，在鳴門與鹿驚商量過後，認為該名少年的身份只有兩個可能，第一就是內輪家族的倖存者，第二就是大蛇丸的實驗體，於是鳴門便親身會合佐助並打算前往大蛇丸的基地查問究竟。不久，因困惑而緊隨鳴門背後的佐助女兒沙拉成功獨自一人在佐助身處的塔中與多年沒見的父親佐助相見，可是佐助卻認為她是此前襲擊他的同伴，並持刀指向沙拉。幸好沙拉喊出「爸爸」令佐助醒覺持刀指向的是他的女兒，於是放下警覺。沙拉面對多年沒見的父親，便一口氣質問佐助很多問題，包括自己的親生母親是誰和相中帶眼鏡的女人是誰等問題，然而佐助卻無情回答沙拉說與她無關。轉眼間，黑衣神秘人（本名宇智波信，與子同名）和宇智波信兵團便向他們發動進攻。在雙方對戰時，黑衣神秘人轉向沙拉發動進攻，佐助便及時以身擋擊，保護了沙拉的安全。然而敵人卻向佐助發動連續攻擊，瞭然的阿櫻及時趕到並以一拳將黑衣神秘人擊倒，不過阿櫻卻因此被敵人一起帶進基地。有見及此佐助和鳴門決定一同前往大蛇丸基地查問究竟，將阿櫻救出。在救出阿櫻後不久，當沙拉卻問佐助是否與母親心連心時，佐助肯定回答地回答是，並且說是「因為有你」，此刻沙拉終於了解父母之間的關係確實並非如她當初所想。之後佐助便隨阿櫻等人回去木之葉，並拍下了全家照，不久後又再次踏上旅程。
第二部時期
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佐助在和螺釘一起離開木之葉村的三年間，與原來「殼」的成員果心居士相遇並一同對螺釘進行訓練。之後在進行針對十尾的一次潛入調查時發生意外失蹤，之後被螺釘和果心居士找到時已經被十尾封印並被盜取卓羅製造出和自己對應的複製體。