李宗仁出任第五战区司令长官和安徽省主席拉开桂系控制安徽序幕。
桂系控制安徽因日军主动收缩
1938年2月，李宗仁就任安徽省主席，标志着桂系势力扩张到了安徽。安徽的政治、军事、财政……各项权力都逐渐落入桂系之手。除了被日军占领的平原地区，桂系牢牢控制住了以大别山区为核心的安徽省大片地区。
桂系在安徽大别山区的军事力量，正规军主要是桂系第二十一集团军，此外还包括大量的游击部队和保安部队。桂系把第二十一集团军收缩在大别山区，把游击部队部署在大别山外围地区，担任大别山外围地区的游击任务。这种部署，明显为了保存桂系实力。
但桂系对安徽的控制，并非是因为桂系善战扛住了日军，而是因为武汉失守后，安徽作为日军进攻的通途作用已失，因此日军在安徽省收缩点线，减少守备兵力。除了平原地区和沿江沿淮的交通线外，其余腹里地区并不加以争夺，以免分散兵力。
这一点从导言中提到耻辱地发生的“立煌事件”中就可以看出。这次事件中，日军第三师团第六十八联队四千余人，在桂系号称精锐主力的第七军、第四十八军和第三十九军共六万余人的防线中如入无人之境，出动后仅仅不到两周时间就直接攻陷了被桂系层层保护号称“金城汤池”的安徽省临时省会、位于大别山深处的立煌（今天的安徽金寨），全城烧杀抢掠两天后安然撤离。共惨杀中国民众千余，烧毁房屋万栋。而整个过程中，有“钢七军”之称的桂系头号主力第七军甚至始终没敢与日军接战。这充分说明桂系在安徽的存在对于日军来说，有多么脆弱。
日军的收缩，给了桂系经营安徽的机会。而桂系对安徽的经营，也是沿袭广西经验，把安徽建成与蒋介石抗衡的可靠基地。
为此，白崇禧曾向出任皖省民政厅长的陈良面授机宜，要他“把广西的经验拿到安徽去”，“政治上作长远打算”。李宗仁也强调：“安徽是中原腹地，政治好坏影响甚大”，希望“将广西经验加以推广”。所谓“广西经验”，即白崇禧倡导的“自治”、“自卫”、“自给”的“三自政策”。所谓“自卫”，即普遍组织民团，以加强军事实力；所谓“自治”，主要实行区、乡〔镇）保甲制度，以强化基层行政组织，控制地方；所谓“自给”，是设法开辟财源，以满足军政开支。三自政策的核心是“自主”。即假地方“自治”之名，实行广西“自主”之实。
桂系的这一方针得意贯彻，使得安徽省成了新桂系的世袭领地。从1938年李宗仁兼安徽省主席、省保安司令起到1949年安徽解放时止，新桂系在皖统治近12年。他们对安徽的统治，是“把安徽造成广西第二”。这从白崇禧等人的讲话、报告和电报中就完全可以看出来，他们总是把“桂皖”或“皖桂”联在一起，就是这个意思。
桂系为控制安徽不择手段
桂系经营安徽开头并不容易，一方面，安徽地方民众和士绅面对日军的入侵，已经自发组织起来抗战，另一方面，国民党中央势力在安徽也有自己的势力。
对此，桂系采用了两个方法。
一方面，对推行地方自治，对桂系统治采取不合作态度的地方豪绅，不管抗日与否，都加以摧毁。1938年1月，肥东士绅吴中英、吴中流、李蔚唐、杨效春，针对抗战爆发后地方治安混乱的状况，决定组建抗日防匪自卫武装，筹划成立合（肥）、巢（县）水陆联防办事处，实行地方自治。这对刚刚涉足安徽的桂系建立政权构成了威胁，于是新桂系将4人关押并以汉奸罪的名义全部杀害。此案曾引起安徽地方人士的抗议和不满，连国民党要员张治中、陈立夫、卫立煌、吴忠信等人也纷纷来电责问。
对于国民党中央势力的羽翼，桂系依旧毫不犹豫痛下杀手。1939年，桐城县大绅士光香九，自恃有中央的CC系做后台，敢于和新桂系对抗，“对新桂系的措施诸多阻挠和破坏”。桂系桐城县长罗成均就将其扣上“涉嫌暗中通敌”的帽子，上报省府，时任省主席的桂系大将廖磊复电“立即拿办，就地枪决”。此举使各地士绅从此不敢与桂系公开对抗。
另一方面，抗战初期作为外来实力派控制省政府暨大别山敌后根据地的桂系，出于战况危急，决定借助中共的力量进行基层组织。而抗战初期中共在江北的组织发展也采取了秘密且不过分刺激桂系当局的政策。
由于国民党基层党部与政权组织涣散无力，并且抗战初期在日军打击下几近崩溃，在桂系控制下的安徽，中共实际上包揽了各级抗战动员工作。
中共的基层动员能力及其政治吸引力，显然是桂系所无法比拟的，这也吸引了桂系在皖各级组织中的大量青年、进步人士加入或倾向中共。据立煌广西学生军中共党支部书记田克回忆，21集团军副总司令张义纯曾私下说：“省动委会工作团、行政干部训练班、皖学生军团等部门80%的人是共产党员，省动委会‘赤化了’，大别山‘赤化了’”。
但随着武汉失守后抗战相持阶段到来，日军在安徽转为收缩。桂系面临的外部军事压力大大减轻，从而转向对内，力图将安徽打造成“广西第二”。这一意图与中共包揽安徽动员工作及新四军发展壮大之间产生了不可调和的矛盾。
在国共两党关系日趋恶化之时，中共中原局从安全及独立发展角度考虑，不得不指示中共退出桂系安徽省府。到桂系大将李品仙担任安徽省主席，加强桂系对各级动员工作的控制权时，中共只得进行了大撤退。截至1940年3月上旬共撤出广西学生军、安徽学生军团、省县各级动委会骨干和倾向进步人士3000余人。这是桂系与中共在皖关系恶化的转折点。以中共组织党员及进步人士撤离桂系政权而告终。
同时这也宣告桂系借助中共力量的结束，开始独自控制和消化安徽。
桂系为控安徽与日军联手打新四军
试图独吞安徽的桂系翻脸就与中共为敌，甚至不惜与日军达成默契，共同对付中共的力量。抗战时期，在皖东有新四军、桂系部队和日伪军三种力量同时并存。当时津浦路淮南段和长江沿岸各个据点都被日伪军盘踞，新桂系部队则收缩在以皖东战略据点古河镇为中心，包括合肥、全椒、和县、巢县、含山等县边缘共百余里的地带上，新四军的活动区域是在这些点线以外的广阔的整个皖东地区。桂系与日军联络，双方试图达成协议共同对付新四军。
在与桂系在皖东的指挥官第7军副军长漆道徵谈判时，日军草拟出三条条款，内容别为：第一互不侵犯，说明双方各自据守现有阵地，不得侵入对方防区，也不得袭击对方部队。第二共同“防共”，内容包括：1、双方交换有关新四军的军事情报；2、任何一方和新四军作战时，另一方有责任出兵相助。第三物资交换，要皖东供应日方革麻、花生、杂粮等，日方供应食盐和其它日用工业品。
参与了这次谈判的伍焕松回忆，为了不担“汉奸”的名声，漆道徵没有在协约上签字，但桂系与日伪军在事实上达成了默契。据当事者回忆，桂系的一〇五二团入侵新四军驻地被击溃后。逃经淮南北部日军防地的桂军伤兵，都由日军收容进碉堡去医治，伤愈后又送到桂军驻地。
漆道徵方面还和汪伪政权的安徽省长林柏生谈判夹击新四军。1945年5月，日军又应桂系的强烈要求，出兵为桂军解围，威胁正在发动皖东战役的新四军侧后的安全。迫使新四军抽回兵力，以防日军的袭击。桂系漆道徵所部得以逃出生天，没有被新四军歼灭。
就这样，桂系先利用中共，在达到一定目的后再突然翻脸，不惜与日军联手，最终达成了控制安徽的目的。