《還珠格格》故事背景為清朝乾隆年间，电视剧内容与小说情节大致相同。
第一部（1998年）
编辑
乾隆二十四年，北京城内大雜園的孤儿小燕子是个劫富济贫的女飞贼，有一天偶然发现贪官梁廷桂强行逼婚，在大闹婚礼的过程中结识了济南女子夏紫薇。二人情投意合，在结拜为姐妹的那晚，紫薇对小燕子坦白自己的身世，原来，紫薇其实是乾隆皇帝的私生女。十八年前，乾隆在济南的大明湖畔结识了紫薇的母亲夏雨荷，二人相爱。乾隆离开雨荷之后始终没有回来，而雨荷却有了乾隆的骨肉。雨荷生下紫薇后，为乾隆苦等一辈子，临终时把这件事告诉了紫薇，要她去京城找她的父亲。
面见圣上并非易事，小燕子热心为紫薇想办法混入宫，但在阴差阳错中却与紫薇互换了身份，被乾隆认定为自己和夏雨荷的女儿，封为“还珠格格”，但对外只称是义女。紫薇却落得一无所有，连唯一的证物都失去了。乾隆为庆贺重获爱女，为小燕子举行祭天的仪式，仪仗队伍行经市街，正巧被紫薇及其丫环金锁看到。激动之余，紫薇追赶轿队，因而被看守官兵殴打以致昏倒在地，被大学士福伦之子福尔康所救。福府在知道其身世后将她收留。
小燕子并非无义之人，多次试图向「皇阿玛」解释，却一直没有成功，因为得知如果贸然告诉乾隆真相，自己会因欺君之罪而被砍头，矛盾不已。皇宫里的生活让天真活泼的小燕子无所适从，闹出不少笑话，也结识了五阿哥永琪，和福家的二子尔康、尔泰。他们得知了小燕子和紫薇的关系之后，安排小燕子偷偷出宫与紫薇见面。见面后，宽容的紫薇谅解小燕子的难处，两姐妹冰释前嫌。另一方面，尔康和紫薇在相处之中慢慢爱上彼此，小燕子与永琪也渐生情愫。而看不惯小燕子不守规矩的皇后和她身旁的容嬤嬤，成了小燕子的頭號敵人。
为了尽快让乾隆解除对小燕子的误会，小燕子将紫薇弄进宫做贴身丫头，但两人情同姊妹的感情渐渐让周围的人产生怀疑。而乾隆对紫薇也有说不出的亲切感，引起了皇后的妒意。皇后将紫薇关进密室严刑虐待，小燕子请乾隆出面对付皇后，总算化险为夷。之后，乾隆决定微服出行，并同意带小燕子和紫薇同行。大家秘密商量，希望利用这段时间让乾隆自己猜透紫薇的真正身份，又不迁怒于小燕子。出行期间，小燕子一路的打抱不平，紫薇的才艺超群与善解人意，让乾隆和大臣们纷纷称赞，而小燕子和永琪、紫薇和尔康的感情也日益加深。有一天他们遇上一次庙会，人群中遇到叛党企图刺杀乾隆，紫薇舍身为父挡刀，生命危急中，紫薇请求乾隆，不论小燕子犯了什么错，都饶小燕子不死。所幸，紫薇拔刀成功，身体日益康复，乾隆因为她的出色英勇而对她敬慕有加，并暗示想把紫薇纳为妃子。
某日，西藏土司巴勒奔及其女赛娅公主來到京城進行國是訪問，紫薇相认的计划被迫暫停。比武大会中，尔康的好身手让赛婭对尔康心生爱慕。因此，巴勒奔和乾隆决定促成赛婭和尔康的联姻。这一决定让小燕子等人焦虑万分，冲动的小燕子当着众人的面说出了紫薇的真相，皇后也趁机拱火，乾隆震怒，将紫薇、小燕子和金锁打入宗人府监牢。皇后决定顺手推舟，在宗人府接到乾隆的命令前，便指使梁廷桂对三位女子严刑逼供逼她们承认图谋刺驾，待取得画押就杀死三人。乾隆回想过往，态度逐渐软化，决定亲自去宗人府释放她们。而心急如焚的永琪等人，等不到乾隆的释放命令，便找来小燕子的宮外好友柳青、柳红一同劫狱。最后，紫薇等人一同回宫向乾隆求情，乾隆最终原谅了他们，紫薇也与皇后化干戈为玉帛。尔泰为了化解哥哥的难处，主动接近塞娅，塞娅发现尔泰才是自己的意中人，要求父親和乾隆修改旨意。
故事的最后，乾隆册封紫薇为「明珠格格」，改小燕子的「还珠格格」为「还珠郡主」，册封尔泰为貝子，还为尔康、永琪指婚，三对有情人终成眷属。
第二部（1999年）
编辑
乾隆二十五年，回疆王阿里和卓及其女含香公主來到北京與乾隆帝會面建交。含香公主不得不与乾隆和亲，被乾隆帝纳为香妃。含香身上自带一种無法除去的香味，加上她的美貌，吸引了乾隆皇帝。但是含香並不喜歡乾隆皇帝，她真正喜歡的是青梅竹馬蒙丹。兩人曾經私奔七次，但皆因阿里和卓的阻撓封殺而失敗。蒙丹一直追到北京，遇上了小燕子及爾康等人，在柳青、柳红新开的会宾楼住下。
另一方面，小燕子及紫薇在宫中的生活仍然风波不断，上演了一齣齣悲喜剧。此时的小燕子虽然被改为郡主，但仍被称为还珠格格。被大家尊称“老佛爷”的太后回宫，且又適逢令妃怀孕（后生下十五阿哥）。在容嬷嬷挑唆下，皇后为了确保十二阿哥的储位，又想借助老佛爺的势力扳倒两个民间格格。老佛爺厌恶小燕子缺乏教养，也厌恶紫薇的来历和身世，不相信紫薇是自己的孙女，认为她们配不上永琪和福尔康，更愿意让福尔康娶无疑出身皇室的晴儿。小燕子和紫薇在宫中不凡的际遇和个性，让宫中很多年轻的一代感到非常亲切，其中包括在回疆长大香妃，也包括深受老佛爺宠爱的晴兒。晴兒主动和她们建立很深的友谊，经常在老佛爺面前帮助小燕子和紫薇说话。因皇后陷害，紫薇被怀疑对乾隆用巫蛊，遭到用刑，几乎死去，幸得晴儿澄清；小燕子不堪学业压力，一度逃出皇宫却被黑心棋社扣为苦工。永琪和福尔康都表示为了和爱人在一起宁愿抛弃官爵当平民，感动太后。而香妃与蒙丹的事也成为了大家共同的秘密。大家非常希望能夠帮助香妃逃离皇宫，讓她与蒙丹远走高飞。经过一系列周密计划的布置，他们终于成功將含香秘密帶離皇宮。但是容嬷嬷发现破绽，皇后派手下巴朗砸了会宾楼，取得证物。乾隆得知后大发雷霆，这时又有官员去济南访得夏家亲人进宫作证紫薇出生于乾隆当初离开济南后一年多，乾隆更以为自己受到夏雨荷的欺骗、所谓认亲皆是弥天骗局，下令斩首两位民间格格。危急时刻，爾康、永琪、柳青、柳红、蒙丹和在会宾楼相识的箫剑劫囚車，救了小燕子和紫薇，再救了被流放的金锁。
自此，众人开始了浪迹天涯之旅。一边逃离官兵的追捕，一边在各种事件中加深了彼此的认识，增进了彼此的感情。在逃亡途中，紫薇因被皇上的追兵所害到眼睛因伤失明，后又复原；金锁跌落悬崖脚脱臼，在柳青照顾的期间与柳青渐生感情；箫剑因照顾小燕子而被永琪吃醋，无奈说出他是小燕子失散多年的亲哥哥。而皇宫中，乾隆在令妃劝说下为失去两位曾带给他很多欢笑的格格而悔恨不已，太后也被触动，皇后则想尽办法为斩草除根而追杀他们，而众人则以为杀手是乾隆所派。最后，乾隆決定亲自去南阳接众人回宫，双方解除了误会，乾隆也表态不在意他们是否帮助含香逃跑、紫薇是否他的女儿，还赐小燕子和紫薇各一金牌令箭，每个可免人三次死罪。紫薇等人深受感动，决定回宫，这让一直主张去云南大理定居的箫剑大为失望，因冲动险些抖出他和小燕子的杀父之仇的真相。原来，箫剑与小燕子的杀父仇人正是收小燕子为义女、被小燕子唤为“皇阿玛”的乾隆！
秘密最终被守住，除了因已嫁给柳青从此在宫外生活的金锁以外，一行人风风光光地回宫。巴朗被擒，供出巫蛊系皇后陷害、夏家亲戚系被收买作伪证。乾隆怒令处决皇后和容嬷嬷，紫薇却用金牌令箭免她们死。在教训了皇后，感化了容嬤嬤之后，乾隆亲自参加了会宾楼的重新开张，也为小燕子与永琪、紫薇与尔康两对新人举行了正式的婚礼。婚礼之夜，箫剑与晴兒邂逅，两人一见钟情。而婚礼中也发生了乌龙意外，紫薇和小燕子的花轿路线被弄反。
第三部（2003年）
编辑
本剧裡柳青、金锁、柳红不再出现，仅透过对白交代柳青与金锁育有一子一女，柳红則嫁到天津。
乾隆二十七年，小燕子虽然已与永琪完婚，依旧是笑话常闹，祸事不断的“开心果”。某日，乾隆率隊出發“南巡”，途中來到了山東，不料入境後所到之處卻一片乾旱，災民個個苦不堪言，小燕子亦決定將馬車上的糧食分配給災民，讓他們別再亂吃。後來，當地巡撫方式舟为了讨好乾隆，以山珍海味款待，小燕子、永琪、尔康、紫薇联想到灾民惨状，忍不住將酒席食物全分給災民，乾隆與老佛爺也被他们的正义行为所感动。經過簫劍調查，這一切的一切全都是方式舟搞的鬼，小燕子在酒席上發現方式舟早已逃亡，她連同永琪、尔康、箫剑亦快馬加鞭緝拿方式舟，最終順利將其逮回並就地正法。離開山東後，晴儿和箫剑陷入相爱却不能相聚的痛苦之中，小燕子意识到哥哥的痛苦，到了杭州，她与永琪、紫薇、尔康商量好，偷偷安排了一条船，掩护晴儿与箫剑相会。卫兵误以为刺客，欲登船擒拿，小燕子等人仓卒出手，打斗惊动了乾隆和老佛爺，也暴露了晴儿与箫剑的恋情而受到老佛爺的斥责。
此时乾隆无心关注儿女之事，他的心已被青楼美女夏盈盈所迷，并宣称要封夏盈盈作妃子，此事惊动了老佛爺和皇后，皇后为保全皇帝的声誉，呈血书恳切力谏，皇后看破紅塵，在眾人面前斷髮，乾隆因而震怒，将皇后遣回京城，即刻起入住冷宮「靜心苑」，永遠不能再住坤寧宮。皇后几年来洗心革面修复的夫妻之情倾刻化为乌有，最终只能面对“削发为尼”的结局。
皇后被遣返後，大家认识了海宁陈邦直的小女儿知画，老佛爺看她温柔娴雅，又多才多艺，决定把她带回京城，而她的父母竟然毫不犹豫地答应了。晴儿看到知画来到老佛爺身边，决定和箫剑远走高飞，尔康又假传圣旨，用金牌令箭放走了他们，乾隆大发雷霆，將爾康關入杭州大牢並押解回京問罪，這些狀況讓乾隆沒有心情玩樂了，決定就此打道回宮。无奈箫剑和晴儿这对苦命鸳鸯又赶了回来，爾康也同時被釋放。
回到京城，老佛爺查清了小燕子兄妹的身世，为防不测，将箫剑囚禁起来。在营救过程中，小燕子知道了杀父仇人竟然是最亲近的皇阿玛，从此，她对永琪的爱渐渐冷却，对乾隆的恨渐渐加深。为了保守秘密，太后提条件让永琪娶知画，婚礼当天就会放了箫剑，小燕子为了救哥哥，只好忍痛割爱，无奈之下，永琪和知画完成了婚礼。他们成亲以后，小燕子与知画的冲突不断，知画为了得到永琪，也与小燕子展开強烈的三角關係。簫劍被释放后逃至雲南大理。
乾隆三十年的秋天，清緬戰爭開戰，傅恆、永琪、尔康奉乾隆之命出征雲南，永琪、尔康亦在當地與簫劍重逢，而簫劍身為他們的好友，當然也跟著一同參戰。這場戰役足足打了三個月，缅甸王猛白的象兵部隊讓清軍飽受威脅、傷亡慘重，不過由於傅恆在普騰之戰成功收復九龍江，最後猛白決定休兵停戰、並帶領象兵部隊連夜退近虎踞關。虽然清军大胜而归，但是尔康卻战死沙场，使得紫薇悲痛欲绝，为了与在天国的爱人相会，紫薇跳下了幽幽谷，谷底突然飞出成千上万的蝴蝶，组成彩色的云团托起紫薇，迷幻中有人告诉她：尔康並没有死。就在大家沉浸在悲痛之时，知画产下一子，取名绵亿，这使小燕子的醋意更加浓密。後來乾隆封永琪为荣亲王，尔康为献亲王。而且知画因有子被封为荣亲王嫡福晋，小燕子的地位遭到打压。
其實尔康真的没有死，缅甸八公主慕沙在刀光剑影中爱上了尔康，乘尔康受伤将其抢回行宫用“调包”的假象蒙骗了永琪，也蒙骗了紫薇，因受伤而意识模糊的尔康错把公主当成紫薇，深陷緬甸，被迫成亲还在异国染上了药瘾。箫剑知道此事后来到北京，告诉紫薇真相，虽然没有把握，但是紫薇深信这是真的。大家面见乾隆，乾隆逼问箫剑的来历，知画把真相揭开，箫剑和小燕子因为仇恨而失去理智，箫剑上去掐住乾隆的脖子，小燕子拔下永琪的剑刺向乾隆，永琪奋力抢救，永琪手腕被重重地划了一刀，并要挟箫剑放手。箫剑又要除掉永琪，被小燕子制止。小燕子心中的仇恨之火终于被永琪、紫薇的真爱之泉所浇灭。经过乾隆调查，当年箫剑和小燕子父母遇害的内情有了水落石出，罪魁祸首竟是当初在南巡时就早已伏法的山东巡撫方式舟，两兄妹对乾隆的仇恨也因此化解。
紫薇决定南下寻夫，永琪为了小燕子也决定放弃榮華富貴，离开皇宫，乾隆不但成全了他们，也成全了箫剑和晴儿这对苦命鸳鸯。离开时，知画抱着绵亿追着永琪，小燕子也终于知道知画对永琪的感情，但是马车头也不回地走了。
一行人历经千辛万苦，终于在缅甸找回尔康，不料尔康早已被慕沙派人埋伏在身邊，慕沙也在得知尔康被帶走後率兵追了上去。一行人決定停下來迎戰，途中小燕子與永琪還向慕沙稍微過兩招，接著紫薇與福倫出面勸說，使得慕沙最終决定放過他，让他跟紫薇继续“生死之交”。乾隆接到众人的信后，称信中说永琪已在拯救尔康期间病逝，并为永琪办了丧禮，但知画完全不相信。另一方面在靜心苑，皇后的身體狀況越來越差，最終病逝，容嬷嬷亦接著切腹自杀，殉主歸天。
成功救回爾康后，一行人來到了大理，但并未遇到麦尔丹和含香；尔康染上的药瘾，在紫薇的照料下成功戒除。为了庆祝尔康戒药成功，同时让晴儿和箫剑如愿，他们办了一个各个民族聚集的婚礼，婚礼中得知小燕子怀孕。翌日尔康和紫薇必須要回到北京，大家恋恋不舍。
十四年後，隐居在大理的永琪和小燕子早已儿女满堂，永琪行医为生。某一天乾隆及爾康到訪。小燕子依照当初和紫薇的约定，为大女儿取名南儿。箫剑和晴儿带着兩儿兩女相聚。不知道乾隆真实身份的南儿只当他是同族的长辈，在席间敬酒时礼貌地称他为爷爷。众人亦知悉知画不愿改嫁，和紫薇已成为密友。三代人欢聚一堂，阵阵笑声久久回荡在天上人间。還珠格格的所有故事也就此全都結束了。
三部故事的关联
编辑
《还珠格格》的三个部分除了以主人公的遭遇为主线之外，也有一些值得玩味的小关联。
在第一部的故事中，有一次小燕子与乾隆谈到缅甸、新疆、准噶尔的边疆问题，并闹出了“面店”、“生姜”的笑话。而在第二部和第三部的故事情节中，分别来自新疆和缅甸的新角色（如香妃、慕沙）被加入到故事的情节中。可以说，第一部中的这个桥段，成了后面故事情节中的引子。
故事中有一首歌曲《今日天气好晴朗》被主人公们经常演唱，这首插曲在三部故事中均有使用，也作为了第一部和第三部故事的结束曲。这使得这个旋律也成为了整个故事的一条线，牵连起《还珠格格》的三部曲。